Spoil : Mass Effect 1 se déroule en l’an 2183 CE, 35 ans après que les humains aient découvert sur Mars les ruines d’une civilisation ancienne : les Prothéens. Grâce à la technologie prothéenne, l’humanité a appris les secrets de l’effet de masse et de l’élément zéro, qui permettent de dépasser la vitesse de la lumière. Les humains ont également trouvé un relais cosmodésique prothéen en lieu et place de Charon (le satellite de Pluton), permettant le voyage instantané au travers de milliers d’années-lumière. L’humanité a commencé son aventure parmi les étoiles, à la rencontre de diverses races extraterrestres et a commencé à s’imposer sur la scène galactique, unie sous la bannière de l’Alliance Interstellaire.
Vous prenez le rôle du commandant Shepard à bord du vaisseau spatial SSV Normandy en direction de la colonie humaine d’Eden Prime. Votre mission consiste à récupérer une balise prothéenne récemment déterrée : cet artéfact n’a pas de prix. Le Spectre Turien Nihlus, du Bureau de la Citadelle des tactiques spéciales et de reconnaissance fait également partie de l’équipe. Sa mission a pour but de tester vos capacités afin d’évaluer la pertinence de votre intégration au sein des SPECTRE, les agents d’élites du Conseil de la Citadelle. Cette mission de routine va rapidement devenir le début d’un complot bien plus grand lorsqu’un gigantesque vaisseau attaque brusquement Eden Prime.
Sur la colonie, vous découvrez rapidement que vous avez à faire à des Geths (des synthétiques) dirigés par un Spectre Turien du nom de Saren Arterius. Ce dernier ne semble plus être lui même, et va même jusqu’à abattre froidement son collègue Nihlus. Votre équipe découvre la balise prothéenne qui vous confère alors une vision, un message juste avant d’exploser. Vous perdez connaissance et êtes ramené d’urgence sur le Normandy. Lorsque vous revenez à vous, la Citadelle n’est plus très loin.
Après de nombreuses péripéties au sein de la station spatiale de la Citadelle, le Conseil vous accorde le statut de Spectre et vous recevez le commandement du Normandy avec l’ordre de traquer officiellement Saren. Votre mission officieuse consiste, de plus, à obtenir des information sur les Moissonneurs, une prétendue espèce alien cybernétique ayant causé l’extinction des Prothéens : Saren souhaite les faire revenir et, pour ce faire, il cherche le « Canal ». Qu’est-ce donc ? A vous de le découvrir. De vos actions et décisions à bord de la frégate Normandy dépendra le sort de l’espèce humaine… et de toute la galaxie.