Pour moi, alors peu être que c'est loin et que ma mémoire commence à flancher, elle n'est pas "tuée" par Shepard et ses deux coéquipiers, juste déconnectées des installations militaires de Séléné. 
exact l'IV "Hannibal" n'est pas désactivée, réinitialisée ou détruite, on se contente simplement de désactiver les serveurs grâce auxquels l'IV qui est en pleine transformation contrôlait les systèmes de défenses automatisées.
il suffit que Cerberus avait sur place une équipe devant le bunker contenant le noyau centrale de l'IV afin de la récupérer sur des disques de données et après couplage avec de la technologie moissonneur ... bonjour IDA !!!
j'imagine la gueule des marines et tech de l'Alliance venu court-circuité Hannibal lorsqu'ils ont découvert que le serveur était ... vide
