Il peut très bien être capitaine de vaisseau sans appartenir à l'armée ou à une organisation complexe. Il peut très bien diriger une équipe de mercenaire et avoir son vaisseau 
Oui sauf qu'un mercenaire reste un mercenaire. Par exemple Aria est très respectée dans ce milieu, mais elle inspire aucun respect dans tout le reste des organisations. Ce que je veux dire c'est qu'un scénario de mercenaire doit correspondre à un scénario de mercenaire. A part si on se retrouve dans un contexte ou l'espace concilien est réduit à néant, un mercenaire n'a aucun rôle à jouer dans l'hypothèse d'une nouvelle menace qui pourrait ébranler la galaxie ou un contexte géopolitique instable ou le héros devrait régler tout ça.
Le problème que j'ai avec ce rôle, c'est que je le trouve très réducteur dans l'hypothèse ou on joue ce genre de protagoniste. Déjà que "l'élite du mercenariat" (les soleils bleu...) devient quasiment anecdotique dans ME3, alors si en plus on joue un simple mercenaire en freelance dans son coin, je vois pas quels enjeux il pourrait y avoir pour cette aventure si ce n'est ses activités habituelle (deals, assassinats...).
Si la trilogie était ce qu'elle était, c'est en grande partie parce que Shepard était Spectre. Que les pnj l'aime ou pas, il était respecté de tous et au fur et mesure que la trame avançait, il gagnait de l'influence et avait de l'impact sur l'avenir de la galaxie. En faite le personnage était neutre, et pouvait de par sont statut s'occper de pleins de sujets différents, là ou un mercenaire se contenterait de gérer les problèmes des mercenaires.
Si ME4 est un seul et unique jeu, genre un spin-off plus intimiste sur la vie des mercenaires, ça peut très bien marcher, mais si Bioware veut faire quelque chose de grand genre une trilogie, il faudra mettre en avant une menace crédible, un contexte géo-politique riche et un personnage suffisamment charismatique et influent pour peser sur ces grands évennements. Bref pour moi les rôles de mercenaires, chasseur de prime... sont hors sujet dans ce genre de scénario (sauf bien sûr si le rapport de force de ces organisations change du tout au tout, mais j'y crois pas une seule seconde).