Moi j'ai une autre approche que vous sur la question mais pas grâce à mass effect 3 mais grâce au 3ème livre de Mass Effect.
ATTENTION SPOIL LITTERRAIRE
Grayson lutte contre l'endoctrinement alors qu'on lui a planté des puces électronique dans le corps censé accélérer l'endoctrinement des moissonneurs sur lui. Malgré celà, il résiste plusieurs jours et encore on lui a fait inhaler du sable rouge.
Bref on peut résister à l'endoctrinement, pas indéfiniment mais on peut y résister. En me basant sur ce que j'ai lu, le catalyseur a sans doute trouver cette image en tentant de l'endoctriner (cf quand il est en face de l'homme trouble juste avant)
Donc si shepard a eu une tentative d'endoctrinement, ce qui s'avère être le cas, la tentative est trop "légère" pour être pris au sérieux quand on a un homme de conviction comme shepard.
Pour l'explication que j'ai trouvé concernant le catalyseur qui apparait sous la forme d'un enfant elle est très simple et en trois points :
1) Virmire : L' I.V prothéenne nous parle, mais n'a pas d'apparence
2) Dans ME3 quand on sait à quoi ressemble un prothéen, l'IV s'adapte et nous montre une apparence de prothéen
3) Dans ME2 ou 3 (j'ai un doute) : quand sheppard rentre dans le systeme geth, légion lui dit que le décor qu'il voit n'est pas réel et qu'il a été adapté par rapport à ce qu'il connait. De plus quand il a des flash back de quarien, il voit des quarien avec leurs masques.
Dans chacune de ces situations l'interface s'adapte par rapport à ce que connait sheppard.