L'IT original et la nouvelle (avant et après l'EC) diffèrent principalement sur l'interprétation de la fin. On est d'accord pour dire que dans le DLC L'Arrivée, et tout le long de ME3, Shep subira des tentatives d'endoctrinement.
Par contre l'original dit que la fin n'est pas réel, elle se déroule dans la tête de Shepard, et en fonction de son choix final, il/elle sera endoctriné(e).
Y a toujours des personnes qui y croient mais pour moi cette explication ne tient plus la route avec l'Extended Cut. Mais ce n'est pas pour autant que je pense que l'idée d'endoctrinement est à jeté à la poubelle : les éléments avant la fin, l'apparence du Cata etc..
Voilà ce que je pense pense :
Les actions de Shep ont changé la donne et force le Cata a admettre que sa solution ne marche plus. Maintenant, il doit en trouver une nouvelle. Pour lui, c'est notre perso (considéré comme une anomalie par les Reapers selon le Leviathan) qui doit choisir. Elle/Il a contrecarré par deux fois leurs plans, uni la galaxie contre eux et fini le Creuset ce qui n'était jamais arrivé avant.
Mais pour être sûr que Shep est "digne" de faire ce choix, il va lui faire passer un test final, celui de l'endoctrinement ; l'arme la plus puissante des Reapers. Dans la course vers le Conduit, il ne detruit pas le Normandy pour éviter que Shep soit touché par les débris (ce qui serait arrivé s'il avait fait boom boom). D'ailleurs, on remarque que la camera s'attarde plusieurs fois sur l'Augure quand il regarde et attend que le Normandy s'envole. Si c'était une incohérence scénaristique, à leur place, j'aurais pas trop insisté sur ce passage ^^'
Bref, la confrontation avec TIM (contrôlé par les Moissonneurs) a pour but de savoir si Shep peut vaincre l'endoctrinement (présence des Reapers au niveau des sons et les ombres huileuses qu'on entendait et voyait dans les cauchemars). C'est ce qu'on arrive à faire soit en tuant l'Homme Trouble soit en le rammenant à la raison.
Après le coup de la blessure qui est transmise d'Anderson à Shepard.. en y réfléchisssant, je pense que c'est plus symbolique qu'autre chose. Anderson creve et passe le flambeau à Shep. C'est à nous de finir le boulot, seul.