Mon opinion : Il n'y avait pas de bons choix, il n'y en avait qu'un. Sacrifier 300 000 âmes suite aux dommages collatéraux prévisibles pour empêcher l'invasion. C'était une mauvaise décision, incontestablement. Mais la seule à prendre, la seule nécessaire face au péril imminent. ( Les conditions étaient d'ailleurs atroces, Shepard n'a même pas pu prévenir quiconque, il était vraiment acculé )
Comme l'a si bien dit cette chère Liara sur Mars, Shepard a permis de faire gagner 6 mois précieux sans lesquels rien n'aurait été possible. ( pas de fouille dans les ruines prothéennes, pas de découverte sur l'arme catalyseur, inachevée, héritée des autres cycles, etc )
Au final, après tout ça, si j'étais shepard, il n'y aurait que moralement que je le regretterais, mais je saurais pertinemment que c'était la seule chose à faire.