Je ne pense pas que Bioware avait vraiment les détails de la fin de ME3 dès ME1... Ou en tout cas ils avaient laissé les possibilités suffisamment ouvertes pour pouvoir changer de scénario.
Par exemple il y a la théorie de la "vraie" fin prévu avec la matière noire, confirmé par un dev qui a expliqué que, dans un des scénario de fin qui ont été discuté, la matière noire était sensée avoir un rôle dans l'existence des Cycles. Pour ceux qui ne la connaisse pas, un résumé: les mentions régulières à la matière noire dans ME2, surtout lors de la mission de recrutement de Tali sur Haestrom avec le soleil qui a vieillit prématurément, était sensée ouvrir la voie à un dilemme moral nettement plus difficile dans ME3: les Moissonneurs n'auraient pas mis en place les cycles pour tenter d'éviter l'extermination de la vie à cause des conflits organiques - synthétiques mais parce que les technologies de vol FTL/SLM auraient des effets secondaires insoupçonnés par les civilisations qui les emploieraient (cf le soleil d'Haestrom: déstabilisation puis destruction des soleils et de leurs systèmes). Du coup les cycles auraient été là pour s'assurer qu'entre deux pics de développements de civilisations interstellaires, les effets sur la matière noire aient le temps de se dissiper avant de détruire massivement les soleils de notre galaxie. D'où un choix qui aurait été très difficile pour Shepard à la fin de ME3: accepter l'existence des cycles pour le bien de la galaxie? ou les supprimer en risquant que le problème de la matière noire finisse par détruire de toute façon la galaxie?
Et pour le goulot d'étranglement, dans le jeu je ne sais pas ce qu'aurait pu décider les développeurs, mais en vrai la théorie du goulot d'étranglement de Toba est pas mal remise en question (enfin elle est toujours discutée quoi)... Et en plus le timing colle pas vraiment: dernier cycle moissonneur il y a 50 000 ans alors que Toba c'était il y a environ 73 000 ans. A peu près entre deux cycles si on respecte le timing réel.
Cf cette vidéo pour ceux que ça intéresse:
Pour ton 3°.
Bon personnellement je ne crois pas à l'idée de la réincarnation/ lignée de Shepard. Mais passons pour parler des Moissonneurs qui auraient pu prédire l'avenir... J'ai envie de dire pourquoi pas, mais pas pour une version façon "boule de cristal", plutôt pour l'idée qu'ayant vécu des milliers (voir plus?) de Cycles, ils ont pu engranger énormément de données sur la façon dont les évènements ont statistiquement le plus de chance de se dénouer, sur le potentiel de telle ou telle espèce suivant ses caractéristiques, et se baser dessus pour agir en conséquence.
Après, auraient-ils pris les devants en détruisant une espèce primitive potentiellement dangereuse lors d'un Cycle? Je ne sais pas... Ils ne m'ont jamais donné l'impression de craindre vraiment les organiques (sauf après qu'ils aient appris pour le Creuset à la toute fin de ME3) car convaincus de leur supériorité absolue. Et ils m'ont toujours donné l'impression de jouer les "cultivateurs" en laissant s'épanouir la vie intelligente jusqu'à un certain stade avant de la moissonner en collectant au passage les informations sur son histoire et sa culture (enfin de ma lecture des choses en tout cas), "protégeant" ainsi la vie et ses fruits du chaos de l'opposition synthétique/organique.
En plus, ils laissaient toujours l'un des leurs en arrières pour en quelque sorte surveiller la galaxie. Alors on peut aussi supposer qu'au pire ils auraient prévu de surveiller les espèces "à risque" et de favoriser leur extinction si vraiment leurs doutes étaient fondés (après tout nous ne sommes qu'à 200 ans de ce que nous sommes dans ME, mais si on se prenait un bon gros astéroïde dans la gueule maintenant il y aurait de forte chance qu'on ne se relève pas...).
Et puis sur le papier, les Asari présentaient plus de caractéristiques à "risque" que notre espèce (longévité, potentiel biotique, une balise prothéenne sur la planète même, etc.). Ou c'était en tout cas l'opinion des Prothéens.